2002年，三航局率先成为洋山深水港工程建设的主力军，先后承建了洋山一期AB标段水工工程、洋山二期B标沙桩工程、洋山二期1.4公里水工B标码头、洋山石油储运一标段码头及驳岸工程等近十个工程，
该工程先后获评国家鲁班奖、中国土木工程詹天佑奖，交通部水运工程质量奖、上海市“申江杯”“白玉兰”奖、为世界第一大集装箱港—上海洋山港提供基础建设力量。
2014年，三航局承建洋山四期工程，共建设了2个5至7万吨级集装箱泊位，本标段集装箱码头总长918米，宽37米，采用高桩梁板式结构，合同价达5.5亿元。
该工程首次采用了最新一代自动化集装箱装卸设备和一流的自动化生产管理控制系统，是全球最大的单体全自动化码头和全球综合自动化程度最高的码头。该工程获评2016年度交通部水运工程施工标准化示范基地、2018年度上海市建设工程“白玉兰”奖、2018—2019年度上海市交通建设品质工程。
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