三航局承建的长江口深水航道整治1~3期工程有利于打通进出长江的咽喉，疏通长江通航瓶颈。该项目是“十二五”全国内河水运投资规模最大、技术最复杂的国家重点工程。
长江口深水航道治理一期工程获评2003年度交通部水运工程质量奖、第四届詹天佑土木工程大奖、2005年度国家优质工程金质奖；长江口深水航道治理工程成套技术获评中国航海学会颁发的2007年度科学技术奖特等奖、国家科学技术进步奖一等奖；长江口深水航道治理二期工程获评2008年度国家优质工程金质奖、第八届中国土木工程詹天佑奖、第八届中国土木工程詹天佑奖创新集体；2011年，中华人民共和国交通运输部授予长江口深水航道治理工程建设先进集体荣誉称号；长江口深水航道治理三期工程荣获2012-2013年度国家优质工程奖。
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