中交上海三航科学研究院有限公司（中交上海港湾工程设计研究院有限公司），创立于1960年，具有水运行业工程设计甲级、水运工程结构和材料检测甲级、防腐保温工程专业承包贰级、地基与基础工程专业承包贰级、港口河海工程咨询乙级等各类资质。公司是上海市高新技术企业，是集科技研发、工程设计、信息技术、特种施工和试验检测为一体的综合型科研设计院，荣膺全国五一劳动奖状、全国工人先锋号、上海市文明单位等荣誉。 

公司下设水运工程设计研究所、海上风电设计研究所、岩土工程设计研究所、工程材料研究所、工程结构加固修复研究所、数智工程设计研究所和科技信息部等7个业务部门，下属控股公司“上海港湾工程质量检测有限公司”和“中交港湾（上海）科技有限公司”。同时主编并发行行业学术性科技期刊《港工技术与管理》。 

公司一贯坚持科技创新引领，加大结构、岩土、材料、机械电气和数字化等基础领域的高度融合，发挥关键技术对经营生产的引领作用，提升公司一体化服务能力。岩土深基坑设计施工优化安全评估及特种施工、清水混凝土技术、海上风电灌浆连接材料和施工技术、智能装备、结构检测和维修加固技术、物联网技术运用于自动化监测等一大批创新技术成果，为港珠澳大桥、洋山深水港、东海风电等世界级项目的施工提供了科技支撑，解决大量关键技术问题。参与多个海内外大型工程设计项目，浦东机场扩建项目充分展示了项目前期规划的综合设计能力，恒逸（文莱）项目成为第一个输出设计标准的项目，更专注于石油化工码头的设计，镇海石化总厂算山码头扩建获得国家优秀设计铜奖。作为服务于三航局的高质量建筑业一体化服务创新平台，公司着力于产研结合，加速推广“新技术、新材料、新设备、新工艺”的产业化应用。