2003年

　　1. 贯彻“三个代表”重要思想，突出“生产第一要务”观点，国内自行完成施工产值首次突破30亿元。
　　2.加大科技投入，研制成水下整平机、GPS定位系统、高性能砼和大管桩新品种等 。三航局召开第十一届科技大会，首次评选表彰科技带头人及优秀科技工作者、岗位技术能手，在全局形成浓厚的科技氛围。
　　3.为了适应特大型外海水工项目的建设要求，三航局投资建造了国内最高的打桩15号、16号船。
　　4.管理模式有了重大突破，三航局直接管理东海大桥、杭州湾跨海大桥项目部。资质就位后，制定并实施对分公司授权经营和管理的暂行办法。
　　5.中国港湾工程学院、中港集团工程结构重点实验室在三航局挂牌成立。
　　6. 三航局《企业文化建设发展纲要》形成。

　　2004年

　　1.港湾院职代会全票通过改制方案；上海分公司船处与船舶公司合并。
　　2.在三航局第十三届四次职代会上，《三航局战略发展规划和企业文化建设纲要（试行）》出台。
　　3.建成国内最高的93米打桩船桩15、桩16号；桩15号在杭州湾大桥施工中创下月打桩163根的国内纪录；添置5000吨举力半潜驳。
　　4.施工产值首次突破50亿元，工程质量管理取得重大成果。

　　2005年

　　1. 完成总产值71亿元，施工产值66.2亿元，经营合同额达100亿元。三航局参建的三项工程获中国建筑工程鲁班奖。
　　2.上海市建筑企业首次排名，三航局位居第五。
　　3. 三航局参建的洋山深水港一期开港，为了集中管理优势，更好参与洋山港建设，三航局洋山分公司挂牌。
　　4.通过质量环境职工健康安全贯标外审。

　　2006年

　　1.三航局改制成为中交第三航务工程局有限公司。
　　2.大管桩又研制新品种，世界最长的55米整节PHC管桩研制成功，投入生产。高强度的张拉预应力、抗弯能力强的SPHC管桩，达到国内领先、国际先进水平。两项成果通过国家、上海市成果新产品鉴定。
　　３.拓展新的施工领域，积极参与世博工程。进入疏浚领域。施工地域也在扩大，进入北方市场。
　　４.出台人工成本控制系统。
　　５.三航局“十一五”科技发展规划任务确定。
　　６.三航局铁路公司挂牌成立。
　　７. 出台项目经理年薪分配和提高骨干船员薪酬分配的指导意见。

　　2007年

　　1.港湾院总工、副总经理时蓓玲当选党的十七大代表。
　　2.进入铁路施工新领域，承建哈大线伊通河特大桥工程。
　　3.从传统的施工领域迈向高端市场，运作无锡和江阴两个市政BT工程项目。
　　4.首次实现经营、生产突破百亿元大关。